هو الإمام أبو جعفر محمد بن علي بن الحسين ابن علي بن أبي طالب، ولد بالمدينة المنورة في أول يوم من رجب عام 57هـ الموافق 13 من مايو 677م في عهد الدولة الأموية.
والده علي بن الحسين زين العابدين، نشأ الإمام في بيت الرسالة، وعاش مع جده الحسين بن علي (رضي الله عنهما) أربع سنين، ومع أبيه تسعًا وثلاثين سنة، وقد لازمه وصاحبه طيلة هذه المدة، وقد تأثر بهديه وعلمه وتقواه وورعه وزهده وشدة انقطاعه وإقباله على الله، وبرز على معاصريه بالفضل في العلم والزهد، وكان أنبههم ذكرًا، وأجلهم في العامة والخاصة، وأعظمهم قدرًا، ولم يظهر عن أحد من ولد الحسن والحسين (رضي الله عنهما) من علم الدين والآثار والسنة وعلم القرآن والسيرة وفنون الآداب ما ظهر عن أبي جعفر، وقد كتبوا عنه تفسير القرآن.
ومن صفاته الشاكر، والهادي، والأمين، والصابر، ولقب بالباقر؛ لبقره العلوم بقرا (أي أظهر العلم إظهارًا) وتعني المتوسع بالعلم، وكان نقش خاتمه «العزة لله»، ويُقال: إنه كان يتختم بخاتم جده الإمام الحسين وكان نقشه (إنّ الله بالغ أمره، وهو من عظماء علماء الإسلام، حدث عن أبيه، وله عدة أحاديث في الصحيحين، وكان من الآخذين عنه أبو حنيفة وابن جريج وغيرهما.
من أقواله المأثورة: من أعطي الخلق والرفق فقد أعطي الخير كله والراحة، وحسن حاله في دنياه، ومن حرم الرفق والخلق كان ذلك له سبيلا إلى كل شر وبلية إلا من عصمه الله تعالى. وقال: اعرف المودة لك في قلب أخيك مما له في قلبك.
توفي في 7 من ذي الحجة 114 هـ، الموافق الأول من فبراير 733م، في عهد الدولة الأموية ودفن بالمدينة المنورة.